El origen del palo santo es muy antiguo, lo utilizaban los Chamanes Incas en sus rituales religioso-espirituales, como herramienta para atraer la buena suerte, alejar cualquier signo de negatividad y como medio de conseguir una mejor comunicación espiritual con sus dioses.
Sus pobladores lo empleaban de forma cotidiana en sus actividades espirituales, en sus rezos, para atraer la suerte, mejorar el estado de ánimo y como descontracturante energético para limpiezas de espacios y ambientes.
Este árbol también está presente en el ritual de los matrimonios indígenas. La pareja debe plantar una plantita de este árbol en ausencia de testigos para ligar sus destinos y que la unión dure eternamente.
Se utilizaba para encender Fuegos Sagrados en ceremonias y rituales, protegiendo así el espacio en el que se va a trabajar. Ha sido utilizado en rituales de armonización con los elementos naturales hasta hoy día.